Fiscalité de cession d’un fonds de commerce : règles clés

La cession d’un fonds de commerce est l’une des opérations commerciales les plus fiscalement complexes. Elle met en jeu simultanément la situation fiscale du cédant — plus-value professionnelle, exonérations éventuelles, cotisations sociales — et celle de l’acquéreur — droits d’enregistrement, solidarité fiscale, reprise des obligations de TVA. Chacun des deux camps dispose de leviers d’optimisation, mais chacun supporte aussi des risques si l’opération est conduite sans expertise juridique et patrimoniale.

Comprendre la fiscalité de la cession d’un fonds de commerce, c’est comprendre que le prix affiché dans l’acte n’est pas le prix réel de part et d’autre. Le cédant recevra un montant net après impôts et prélèvements ; l’acquéreur paiera un montant global incluant les droits d’enregistrement et les frais d’acte. La négociation du prix doit intégrer ces paramètres dès l’origine, en s’appuyant sur une évaluation indépendante du fonds de commerce réalisée par un expert certifié.

Cet article présente les mécanismes fiscaux applicables à chacune des parties, les exonérations mobilisables et l’articulation entre valeur du fonds et charges fiscales, dans le cadre des transactions de fonds de commerce à Bordeaux accompagnées par Real Group.

Côté cédant : la plus-value professionnelle (CGI article 39 duodecies)

Lorsqu’un exploitant cède son fonds de commerce, la différence entre le prix de cession et la valeur nette comptable des éléments cédés constitue une plus-value professionnelle. L’article 39 duodecies du Code général des impôts établit la distinction fondamentale entre plus-values à court terme et plus-values à long terme, distinction qui détermine le régime d’imposition applicable.

La plus-value à court terme correspond à la fraction de la plus-value qui représente des amortissements précédemment déduits, ou à la totalité de la plus-value sur des biens détenus depuis moins de deux ans. Elle est intégrée au résultat de l’exercice et soumise à l’impôt dans les conditions ordinaires. Pour une société à l’IS, cela signifie le taux normal d’impôt sur les sociétés. Pour un exploitant à l’IR (entrepreneur individuel ou société de personnes relevant des BIC), elle s’ajoute au bénéfice imposable et est soumise au barème progressif de l’impôt sur le revenu, auquel s’ajoutent les prélèvements sociaux.

La plus-value à long terme concerne les éléments incorporels du fonds (clientèle, achalandage, droit au bail) lorsqu’ils sont détenus depuis plus de deux ans et n’ont pas fait l’objet d’amortissements déduits. Pour les exploitants à l’IR, cette plus-value bénéficie d’un régime plus favorable : elle peut être soumise au prélèvement forfaitaire unique (PFU) de 12,8 % au titre de l’impôt sur le revenu, auquel s’ajoutent les prélèvements sociaux au taux de 17,2 %, soit une imposition globale de 30 %. Les sociétés soumises à l’IS ne bénéficient pas de cette distinction : toute la plus-value est taxée au taux de l’IS.

Pour les opérations portant sur des montants supérieurs à 250 000 € de revenu net global, une contribution additionnelle sur les hauts revenus peut s’appliquer au titre de l’article 223 sexies du CGI pour les sociétés concernées, ou via la contribution sur les hauts revenus pour les particuliers. Le conseil d’un expert-comptable ou d’un avocat fiscaliste est indispensable pour déterminer l’imposition précise selon la structure juridique et la situation individuelle du cédant.

Les cotisations sociales constituent un poste additionnel pour les entrepreneurs individuels et les associés-gérants relevant du régime des travailleurs non salariés : les plus-values à court terme intégrées au résultat sont soumises aux cotisations TNS, ce qui peut alourdir significativement la charge globale.

Les exonérations de plus-value : trois régimes à connaître

Le législateur a prévu plusieurs régimes d’exonération de la plus-value professionnelle, applicables sous conditions à la cession d’un fonds de commerce. Ces régimes peuvent alléger significativement, voire annuler, la charge fiscale du cédant, à condition que les critères soient scrupuleusement respectés.

Article 238 quindecies du CGI — Exonération pour petites et moyennes entreprises

Ce régime est le plus fréquemment applicable lors des cessions de fonds de petite ou moyenne taille. Il prévoit une exonération totale de la plus-value lorsque la valeur des éléments transmis n’excède pas 500 000 €, à condition que l’activité ait été exercée pendant au moins cinq ans. L’exonération est partielle et dégressive lorsque la valeur des éléments transmis se situe entre 500 000 € et 1 000 000 €. Au-delà de 1 000 000 €, aucune exonération n’est applicable au titre de cet article.

Le plafond s’apprécie sur la valeur totale des éléments transmis, indépendamment du prix définitivement convenu. Il convient donc d’évaluer précisément ces éléments avant toute négociation, afin de vérifier si le seuil est franchi. Une évaluation rigoureuse de la valeur vénale des éléments incorporels et corporels est ici déterminante.

Article 151 septies du CGI — Exonération pour les très petites entreprises

Ce régime s’applique aux exploitants qui exercent à titre professionnel depuis au moins cinq ans et dont les recettes annuelles n’excèdent pas certains seuils. Pour les activités de services, l’exonération est totale si les recettes moyennes des deux exercices précédents sont inférieures à 90 000 €, et partielle entre 90 000 € et 126 000 €. Pour les activités de vente, les seuils sont respectivement 250 000 € et 350 000 €.

Ce régime est particulièrement adapté aux petits fonds de commerce artisanaux, aux professions libérales en BNC, ou aux activités mixtes dont les recettes restent modestes. Son application est automatique lorsque les conditions sont remplies, sans démarche particulière.

Article 151 septies A du CGI — Exonération lors du départ à la retraite

Le cédant qui prend sa retraite peut bénéficier d’une exonération spécifique des plus-values réalisées à l’occasion de la cession de son activité, sous réserve de respecter des conditions cumulatives : exercice de l’activité à titre professionnel depuis au moins cinq ans, cessation des fonctions de direction dans l’entreprise cédée, départ effectif à la retraite dans un délai de deux ans avant ou après la cession.

Ce régime permet d’exonérer aussi bien les plus-values à court terme que les plus-values à long terme. Il reste soumis aux prélèvements sociaux sur les plus-values à long terme. Son articulation avec les autres régimes d’exonération doit être examinée avec un conseiller fiscal, les régimes n’étant pas cumulables.

Côté acquéreur : les droits d’enregistrement (CGI article 719)

L’acquéreur d’un fonds de commerce supporte les droits d’enregistrement, qui constituent une charge fiscale immédiate s’ajoutant au prix de cession. Ces droits sont calculés selon un barème progressif fixé par l’article 719 du Code général des impôts, et doivent être versés dans un délai de trente jours suivant la cession, soit à la recette des impôts des entreprises, soit auprès du notaire lorsque ce dernier instrumente l’acte (la déclaration est alors effectuée par son office).

Le barème est applicable sur le prix global de cession des éléments incorporels et corporels du fonds, à l’exclusion des marchandises, des immeubles et des créances. Il s’applique sur le prix déclaré dans l’acte ou sur la valeur vénale si elle est supérieure, l’administration disposant d’un droit de contrôle sur les valeurs déclarées en application du Livre des procédures fiscales.

Barème CGI article 719 (en vigueur — Loi de finances 2025)

Ces droits s’ajoutent aux honoraires du rédacteur de l’acte (avocat, notaire ou expert-comptable) et aux émoluments liés à la publication légale de la cession. Pour une analyse complète des postes de coût côté acquéreur, voir l’article dédié aux frais qui composent le coût d’acquisition d’un fonds de commerce.

La source légale est le BOFiP, référence BOI-ENR-DMTOM-10, qui commente les conditions d’application de l’article 719 et les modalités de liquidation des droits. L’acquéreur doit déposer une déclaration de cession dans les trente jours, accompagnée du paiement.

Le cas particulier de la TVA (CGI article 257 bis)

La question de la TVA lors d’une cession de fonds de commerce est souvent mal comprise. Le principe posé par l’article 257 bis du Code général des impôts est le suivant : la cession d’une universalité totale ou partielle de biens n’est pas soumise à la TVA, dès lors que l’acquéreur reprend l’activité et devient redevable des obligations de TVA du cédant pour les biens transmis. Cette disposition transpose en droit interne l’article 19 de la directive TVA 2006/112/CE.

En pratique, cela signifie que le prix de cession d’un fonds de commerce en activité — clientèle, droit au bail, matériel, marques, contrats de travail — n’est pas assujetti à TVA. L’acquéreur n’a pas à payer de TVA sur le prix du fonds lui-même. En contrepartie, il reprend les droits à déduction de TVA du cédant sur les biens d’investissement transmis : toute régularisation ultérieure lui incombera comme si le cédant avait continué son activité.

Plusieurs exceptions méritent attention. Le stock de marchandises cédé séparément du fonds reste soumis à TVA selon son régime propre. Certains secteurs d’activité bénéficiant d’un régime TVA particulier — hôtellerie, pharmacies, activités financières — peuvent voir leur cession examinée différemment. L’administration fiscale peut remettre en cause l’exonération si elle considère que l’acquéreur ne reprend pas réellement l’activité ou que la cession ne porte pas sur une universalité cohérente. En cas de doute, la consultation du BOFiP (BOI-TVA-CHAMP-10-10-40) et d’un fiscaliste est recommandée avant de structurer la transaction.

La solidarité fiscale de l’acquéreur (CGI article 1684)

L’article 1684 du Code général des impôts crée une responsabilité solidaire entre cédant et acquéreur pour certains impôts directs. Concrètement, pendant un délai de trois mois courant à compter de la date de publication de la cession au Bulletin officiel des annonces civiles et commerciales (BODACC), l’acquéreur peut être tenu de régler, à la place du cédant, les impôts directs que celui-ci doit au titre de l’exploitation du fonds pour l’exercice en cours de cession et pour l’exercice précédent.

Ces impôts comprennent l’impôt sur les bénéfices (IS ou quote-part IR), la cotisation foncière des entreprises (CFE) et la cotisation sur la valeur ajoutée des entreprises (CVAE) lorsqu’elle s’applique. Le montant potentiellement en jeu peut être significatif si le cédant a réalisé un exercice bénéficiaire important avant la cession ou s’il dispose de dettes fiscales antérieures.

La parade classique à ce risque est le séquestre du prix de cession chez le rédacteur de l’acte (avocat, notaire, expert-comptable habilité). Le séquestre dure jusqu’à l’obtention d’un certificat fiscal délivré par le service des impôts des entreprises compétent, attestant que le cédant n’a pas de dettes fiscales à la date de la cession ou que celles-ci ont été apurées. Ce certificat purge la solidarité et permet la libération du séquestre en faveur du cédant. La publication au BODACC fait courir le délai, ce qui incite les parties à ne pas différer cette formalité.

La référence doctrinale est le BOFiP, commentaire BOI-BIC-PVMV-40, qui traite de l’ensemble du dispositif de responsabilité en matière de bénéfices. Pour comprendre la logique de la cession — fonds ou droit au bail — et ses implications sur la valeur, on consultera également l’article Cession de bail ou fonds de commerce : que choisir à Bordeaux ?

L’impact de la fiscalité sur la valorisation du fonds

L’ensemble de ces mécanismes fiscaux a une incidence directe sur la valeur négociée entre cédant et acquéreur. Un cédant qui peut mobiliser une exonération au titre de l’article 238 quindecies sur un fonds valorisé à 450 000 € dispose d’une situation très différente de celui qui sera pleinement imposé sur sa plus-value : son prix net sera meilleur, et il peut négocier avec plus de souplesse. Un acquéreur qui intègre dès l’offre le coût des droits d’enregistrement (environ 15 000 € pour un fonds à 400 000 €) et le risque de solidarité fiscale ajuste son offre en conséquence.

C’est pourquoi le montage d’une cession de fonds de commerce ne se réduit jamais à la fixation d’un prix brut. Il appelle un arbitrage global entre plusieurs variables simultanées, que seule une évaluation indépendante peut rendre lisible.

Cession de fonds ou cession de parts sociales : l’arbitrage fiscal

Lorsque le fonds de commerce est exploité au travers d’une société (SARL, SAS), le cédant peut choisir entre céder le fonds lui-même ou céder les parts ou actions de la société qui l’exploite. Ces deux opérations produisent des effets fiscaux radicalement différents.

La cession de fonds génère les droits d’enregistrement du barème CGI 719 pour l’acquéreur, et une plus-value professionnelle pour le cédant soumis à l’IS ou à l’IR selon la structure. La cession de parts sociales est soumise aux droits d’enregistrement au taux de 3 % calculé sur le prix des parts (article 726 du CGI pour les SARL), avec un abattement sur l’assiette, et génère chez le cédant une plus-value de cession de titres relevant d’un régime distinct, potentiellement plus avantageux.

L’acquéreur, de son côté, préfère souvent la cession de fonds : il acquiert des actifs identifiés sans reprendre le passif caché éventuel de la société. Le cédant peut trouver plus avantageux de céder les parts. Cet arbitrage est souvent au cœur de la négociation et conditionne la structuration même de l’acte.

Le rôle de l’expert RICS dans la valorisation fiscalisée

L’expertise indépendante intervient à plusieurs niveaux dans ce processus. Elle établit d’abord la valeur vénale opposable des éléments du fonds, conformément au RICS Red Book 2022, qui définit les standards méthodologiques reconnus par les juridictions françaises et européennes. Une valeur vénale documentée protège les deux parties : elle légitime le prix déclaré dans l’acte vis-à-vis de l’administration fiscale et sécurise l’acquéreur contre une surévaluation.

Elle permet ensuite de vérifier si le prix de cession tombe en deçà ou au-delà des seuils d’exonération de l’article 238 quindecies, avant que la négociation ne soit finalisée. Un prix légèrement supérieur à 500 000 € peut être structuré différemment — par exemple en distinguant les éléments transmis à titre onéreux de ceux apportés à titre accessoire — dès lors que la valorisation est rigoureuse et documentée.

Real Group, seul cabinet indépendant agréé RICS à Bordeaux, réalise ces expertises pour les cessions de fonds de commerce sur Bordeaux Métropole et la Gironde. Louis Vacher, expert RICS et fondateur du cabinet, est agréé par les tribunaux de commerce et les cours d’appel pour ces missions. Le service commerce de Real Group accompagne vendeurs et acquéreurs de la valorisation jusqu’à la finalisation de l’acte, en lien avec les conseils juridiques et fiscaux de chaque partie.

Pour les dossiers portant sur le droit au bail associé au fonds, l’évaluation doit également intégrer la composante locative : voir notre page évaluation du droit au bail pour comprendre comment cette valeur s’articule avec celle du fonds.